ปัจจุบันหลายพื้นที่ในบริเวณลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาได้เจริญเติบโตเเละขยายตัวอย่างรวดเร็ว ไม่ว่าจะเป็นการขยายตัวของชุมชนเมือง เช่น เทศบาลนครหาดใหญ่ เทศบาลนครสงขลา เทศบาลเมืองพัทลุง เป็นต้น เเละตลอดจนการขยายตัวของอุตสาหกรรมที่มีโรงงานอุตสาหกรรมจำนวนมากกระจายตัวในพื้นที่ลุ่มน้ำ เเละตั้งอยู่ตามเเนวของลำน้ำที่ไหลลงทะเลสาบสงขลา โดยเฉพาะคลองอู่ตะเภา คลองพะวงเเละลำน้ำสาขาต่างๆ ซึ่งเป็นที่รองรับมลพิษที่มาจากเเหล่งกำเนิดหลายประเภท