คุณภาพน้ำคลองสาขาในพื้นที่ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา
ประเมินโดยใช้ดัชนีคุณภาพน้ำทั่วไปเปรียบเทียบกับมาตรฐานแหล่งน้ำผิวดิน สามารถแบ่งกลุ่มคลองสาขาตามคุณภาพน้ำได้ 2 กลุ่มคือ
- กลุ่มที่มีคุณภาพน้ำอยู่ในเกณฑ์ดีถึงพอใช้ ได้แก่ คลองป่าพะยอม คลองนาท่อม คลองท่าเชียด คลองป่าบอน คลองพรุพ้อ คลองภูมี
- กลุ่มที่มีคุณภาพน้ำอยู่ในเกณฑ์พอใช้ถึงค่อนข้างเสื่อมโทรม ได้แก่ คลองท่าแนะ
ปากคลองท่าเชียด คลองอู่ตะเภา คลองระโนด คลองมหากาฬ คลองตะเครียะ และบริเวณท่าเทียบเรือท่าสะอ้าน จังหวัดสงขลา
จากการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำในช่วงฤดูฝน พบว่าทุกคลองสาขามีการปนเปื้อนของนิกเกิลเกินค่ามาตรฐาน
โดยเฉพาะบริเวณท่าเทียบเรือท่าสะอ้าน พบการปนเปื้อนของโครเมียม ตะกั่ว และสังกะสีเกินค่ามาตรฐาน