การขยายตัวอย่างรวดเร็วของชุมชนเมืองทำให้สถาบันผลักดันการดำเนินงานด้านการพัฒนาสิ่งแวดล้อมชุมชนเมืองมาตั้งแต่เริ่มก่อตั้งองค์กร ภายใต้แนวคิด “เมืองน่าอยู่” เพื่อส่งเสริมให้ผู้อยู่อาศัยในชุมชนเมืองมีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้น โดยมีแนวทางการดำเนินงาน คือ การเสริมสร้างศักยภาพและผลักดันให้ชุมชนและภาคประชาสังคมได้มีส่วนร่วมพัฒนาสิ่งแวดล้อมชุมชนเมือง และส่งเสริมสนับสนุนให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ซึ่งเป็นองค์กรปกครองที่ใกล้ชิดกับประชาชนในพื้นที่มากที่สุด มีวาระและดำเนินการพัฒนาสิ่งแวดล้อมในพื้นที่ของตนภายใต้การมีส่วนร่วมของชุมชน ทั้งนี้ส่วนหนึ่งเพื่อเป็นการปฏิบัติตาม Local Agenda 21 จากเวทีการประชุมสุดยอดของสหประชาชาติว่าด้วยการพัฒนาและสิ่งแวดล้อม และสอดรับกับนโยบายกระจายอำนาจการปกครองของประเทศ

ในระยะเริ่มแรก ในปี 2538-2546 สถาบันมีบทบาทในการพัฒนาแผนแม่บท ยุทธศาสตร์และต้นแบบของการวางแผนและพัฒนาสิ่งแวดล้อมชุมชนเมืองให้กับหน่วยงานภาครัฐที่เกี่ยวข้องและหน่วยงานระดับนโยบาย พร้อม ๆ กับการปฏิบัติงานภาคสนามในการพัฒนาขีดความสามารถให้ชุมชนและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นได้ร่วมมือกันพัฒนาสิ่งแวดล้อมชุมชนเมืองในหลายท้องที่ของประเทศ เช่น ภูเก็ต สมุทรปราการ นครศรีธรรมราช รวมทั้งการผลักดันเรื่องการพัฒนาและจัดการพื้นที่สีเขียวในชุมชนเมือง จนในช่วงปี 2546-2547 สถาบันได้มีบทบาทในการพัฒนาตัวชี้วัดเมืองน่าอยู่เพื่อใช้เป็นเครื่องมือเชิงประจักษ์สำหรับการประเมินผลการพัฒนาเมืองน่าอยู่ของกรุงเทพ ฯ และเชียงใหม่ และได้ร่วมมือกับกรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อมและสันนิบาตเทศบาลแห่งประเทศไทยจัดทำโครงการ เมืองน่าอยู่ ในประเทศไทยในปี 2547 และ 2552 โดยได้ร่วมกันกำหนดองค์ประกอบของเมืองน่าอยู่ไว้ 5 ประการคือ การเรียนรู้และพัฒนาภายในองค์กรเทศบาล การบริหารจัดการที่ดีตามหลักธรรมาภิบาล การพัฒนาสภาพทางกายภาพของเมือง การพัฒนาด้านเศรษฐกิจของเมือง และการมีสังคมที่น่าอยู่และการจัดการสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน พร้อมกับพัฒนาตัวชี้วัดของแต่ละองค์ประกอบเพื่อนำไปใช้ประเมินผลงานเทศบาลที่เข้าร่วมโครงการ มีเทศบาลระดับตำบล ระดับเมืองและระดับนครทั่วประเทศที่ดำเนินงานบรรลุเกณฑ์และตัวชี้วัด ได้รับการรับรองเป็นเมืองน่าอยู่ จำนวน 24 แห่งในปี 2547 และ 53 แห่งในปี 2552 โดยเทศบาลบางแห่งมีผลงานโดดเด่นจนได้รับการยอมรับเป็นแหล่งศึกษาเรียนรู้ด้านการจัดการสิ่งแวดล้อมชุมชนให้กับผู้สนใจทั้งจากภายในประเทศและต่างประเทศ

การร่วมดำเนินงานกับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นและชุมชนอย่างต่อเนื่องมาโดยตลอดทำให้ปัจจุบันสถาบันสามารถต่อยอดงานพัฒนาสิ่งแวดล้อมชุมชนเมืองเพื่อพัฒนางานเฉพาะเรื่องในเชิงลึก อาทิ การอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพในเมือง และเพื่อจัดการปัญหาที่เป็นประเด็นรากฐานของการพัฒนาสิ่งแวดล้อมชุมชนเมือง อาทิ โครงการผังเมืองรวมชุมชนเพื่อกำหนดเขตการใช้ประโยชน์ที่ดินในลักษณะการสร้างสมดุลระหว่างการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานทางกายภาพและการแบ่งพื้นที่เพื่อส่งเสริมคุณภาพชีวิต เป็นต้น